Fakulta zajišťuje bakalářské studium programu zdravotnická bioanalytika, magisterské studium programu farmacie a příbuzné programy doktorského studia.

Studentem Univerzity Karlovy v Praze, Farmaceutické fakulty v Hradci Králové se stává uchazeč dnem zápisu. Student má právo účastnit se přednášek, cvičení, seminářů, praxí, laboratorních prací, exkurzí, konzultací a dalších forem výuky, získávat zápočty a podrobovat se zkouškám. Absolventům studia v bakalářských studijních programech se uděluje titul „bakalář (ve zkratce „Bc.“ uváděné před jménem), absolventům studia v magisterských studijních programech se uděluje titul „magistr“ (ve zkratce „Mgr.“ uváděné před jménem). Zahraniční studenti samoplátci mohou studovat studijní program Farmacie v anglickém jazyce.

Absolvent magisterského studijního programu, který získal akademický titul „magistr”, může vykonat v téže oblasti studia státní rigorózní zkoušku, jejíž součástí je obhajoba rigorózní práce. Po jejím vykonání se uděluje titul „doktor farmacie“ (ve zkratce „PharmDr.“ uváděné před jménem) u absolventů studijního programu Farmacie a titul „doktor přírodních věd“ (ve zkratce „RNDr.“ uváděné před jménem) u absolventů studijního programu Zdravotnická bioanalytika.